Différences

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--- science:biodiversite_et_crise_sanitaire [2020/04/02 12:02]
remyfroissart créée
+++ science:biodiversite_et_crise_sanitaire [2020/04/02 12:13] (Version actuelle)
remyfroissart
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
-Jean Perron <@gmail.com>
+====== Lien entre biodiversité et crise sanitaire======
+Suite de correspondance avec analyses suite à la [[https://www.petitions.fr/la_prochaine_pandemie_est_previsible_rompons_avec_le_deni_de_la_crise_ecologique|pétition]] lancée par Michel Veuille le 1er avril 2020
+  * Jean Perron le 2 avril
+  * Hugo Mathé-Hubert (réponse) le 2 avril
+  *
+===== Jean Perron 2 avril =====
 Répondre à:	Jean Perron <@gmail.com>
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 Jean
+===== Hugo (2 avril) =====
+Bonjour, merci Jean Perron pour cet échantillon de la bibliographie
+auquel je rajouterais à ce papier :
+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3666729
+Maintenant, je ne pense pas que qui que soit ait dit que la biodiversité
+était une « magic bullet » contre les zoonoses.
+Pour l'article que j'avais précédemment envoyé,
+(https://www.nature.com/articles/s41559-019-1060-6), j'avais dit,
+" Les pays où il y a plus de biodiversités ont plus de zoonoses, *mais*
+la diminution [de la biodiversité] *tendrait*, j'insiste sur le
+conditionnel, à augmenter les zoonoses. "
+Cet article met donc en avant l'importance de l'échelle à laquelle on
+cherche le lien biodiversité-zoonoses. L'importance de l’échelle est
+notamment mise en évidence par figure 4 qui compile 3 études.
+Dire que cette étude conclus que "les preuves sont faibles et *souvent
+dans la « mauvaise » direction*." me parait donc erroné puisque la
+direction tend à dépendre de l'échelle. Par ailleurs, si la direction
+est la « mauvaise » à échelle globale, elle *tend* à être la « bonne » à
+échelle locale, et temporelle. Donc il me semble compliqué de dire que
+la tendance est souvent dans la « mauvaise » direction.
+Cet effet d'échelle est aussi une des conclusions du premier article
+proposé par Jean Perron (https://www.nature.com/articles/s41467-019-13049-w)
+" biodiversity generally inhibits disease at local scales, but this
+effect weakens as spatial scale increases. Spatial scale is, *however*,
+[...] "
+Et la conclusion du résumé de l'article est
+"Despite context dependence, biodiversity loss at local scales appears
+to increase disease, suggesting that at local scales, biodiversity loss
+could negatively impact human and wildlife populations."
+===La 3ième étude===
+La 3ième étude récupérée par Jean Perron
+(https://royalsocietypublishing.org/doi/full/10.1098/rstb.2016.0122)
+correspond à une des études ré-analysée par la publication ci-dessus.
+Cette étude est comparée à 2 autres études dans la table 1 où il est
+mentionné qu'elle "Includes diversity that is of questionable relevance
+to hosts." et malgré ce, l'absence d'effet [significatif] qu'elle
+reporte est un effet négatif à p = 0.116.
+===La 4ième étude===
+(https://www.annualreviews.org/doi/pdf/10.1146/annurev-ecolsys-112414-054142)
+mentionne
+"5.3.2.3. Human disease.
+Parasites and pathogens are a dominant and healthy component of natural
+and intact ecosystems (Kuris et al. 2008). As with all other branches of
+animal life, they are highly vulnerable to patterns of anthropogenic
+change. As discussed previously, because of their dependent life cycles,
+they are likely experiencing higher rates of loss than free-living
+species (Lafferty 2012).
+**However, a growing body of literature suggests that defaunation and
+other types of biodiversity loss may systematically benefit some
+parasites and pathogens, including some causal agents of human zoonoses
+(Civitello et al. 2015, Young et al. 2016). The generality and magnitude
+of this effect are still under active debate (Civitello et al. 2015,
+Salkeld et al. 2015), and there is widespread agreement that no
+universal relationship links defaunation and disease (Johnson et al.
+). Yet, some forms of defaunation do appear likely to cause strong
+increases in disease prevalence.**
+For instance, systematic increases in rodent abundance following losses
+of large mammals tend to cause increases in rodent-borne diseases (Young
+et al. 2014). Indeed, whenever defaunation causes systematic losses in
+low-competence hosts, or releases groups of competent hosts, we should
+expect to see increases in prevalence of disease (Joseph et al. 2013).
+There are also other potential pathways through which defaunation may
+cause systematic increases in human disease risk—for example, through
+behavioral (Dizney & Dearing 2016) or physiological changes in remaining
+hosts (Young et al. 2016) or through changes in host phylogeny (Suzán et
+al. 2015)."
+===La 5ieme étude===
+La 5ieme étude porte sur la maladie de Lyme, et me semble donc
+hors-sujet pour identifier s'il y a une tendance générale (N=1).
+===La 6ieme étude===
+(https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/ele.12479) ne remet
+pas en cause le lien, il conclut par exemple
+"*there is now clear empirical evidence indicating that biodiversity
+loss is associated with increased transmission or disease severity for a
+wide range of important pathogens of plants, wildlife and humans
+(Keesing et al. 2006; Johnson & Thieltges 2010; Cardinale et al. 2012;
+Ostfeld & Keesing 2012; Civitello et al. 2015)*"
+Par ailleurs, elle souligne l'importance de l'échelle (encore) ainsi que
+le besoin d'études expérimentales.
+Justement, une méta-analyse d'études, notamment expérimentales, a été
+incluse dans l'étude que j'avais envoyée
+(https://www.nature.com/articles/s41559-019-1060-6) :
+https://www.pnas.org/content/112/28/8667
+Celle-ci conclue, là encore, à un généralement effet négatif.
+Donc je crois qu'il y a un relatif consensus scientifique pour dire
+qu'il y a un effet global positif (il y a plus de zoonoses dans les
+régions riches en biodiversité, on pouvait s'y attendre.) et un effet
+*généralement* négatif à l'échelle locale.
+===Quelle échelle est pertinente ? :===
+Avant d'avoir un effet global, la biodiversité est détruite localement,
+dans chaque endroit où elle était présente, et il s'agit bien d'une
+dynamique temporelle. Donc la tendance globale n'est pas pertinente pour
+le débat actuel. Et il y a des évidences que localement, en générale, la
+tendance est négative.
+Le texte de la pétition est trop simpliste, peut-être, peut-être pas,
+mais c'est une pétition, pas un article scientifique.
+Pour toutes les raisons ci-dessus, je pense qu'il est de notre devoir
+d'appeler, en tant que scientifique, à signer cette pétition
+(https://www.petitions.fr/la_prochaine_pandemie_est_previsible_rompons_avec_le_deni_de_la_crise_ecologique),
+quitte à en profiter pour faire de la vulgarisation en expliquant la
+complexité de cette relation.
+Et je ne pense pas que ce soit du lobbyisme pour notre cause, mais une
+lutte pour l'avenir.

Remy Froissart, CNRS

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